金關工程(二期)加工貿易管理系統是金關工程(二期)的重要組成部分，該系統的上線運行和推廣應用為海關深化加工貿易及保稅監管改革、支持加工貿易創新發展提供有力的技術支持和保障。金關工程(二期)加工貿易管理系統由加工貿易手冊管理分系統、加工貿易賬冊管理分系統、保稅流轉管理分系統等多個分系統組成。