中國（福建）國際貿易單一窗口功能總計108項，包含進口報關、出口報關、跨境電商企業備案、跨境電商商品備案、跨境電商通關狀態查詢、跨境電商綜合服務系統（海關側）、保稅港區監管信息化系統、海關進出口資質備案、免除查驗作業費統計系統、進口一單多報、船舶入港/境申報、船舶出港/境申報、與新加坡國際貿易單一窗口對接、閩臺“一證兩單”對接、與臺灣關貿網對接、與上海單一窗口對接、企業備案、商品備案、通關狀態查詢、通檢狀態查詢、出口退稅、進口付匯、出口收匯、保稅交易展示平臺、入境報檢、出境報檢、進口艙單管理、出口預配艙單管理、出口清潔艙單管理、海港出境電子閘口系統、海港入境電子閘口系統、大宗散貨物流監管系統、電子單證系統、進出口企業海關檢驗檢疫信息服務系統、即查即放系統、“海關檢驗檢疫進口食品安全追溯系統”、平潭海關檢驗檢疫監管信息化平臺、原產地企業備案、電子預備艙單系統、電子設備交接單系統、船舶動態查詢、船期公布、碼頭放行信息互傳、簽證信息查詢、船舶基本信息、一證通辦證、網上辦證系統、邊檢網上便民服務平臺、企業入網IC卡辦理進度查詢、船期查詢、移動應用系統（IOS版）、移動應用系統（Android版）、微信公眾平臺、企業征信查詢系統、企業滿意度測評系統、國際貨運代理企業備案、對外貿易經營者備案、兩用物項和技術進出口管制、技術進出口管理、機電進口申報、中小企業國際市場開拓資金管理、進出口許可證管理、加工貿易企業網上申領、電子證照互轉、統一呼叫中心、與省市場監管平臺對接、福建省口岸貿易統計分析、集裝箱適載申報、梅沙系統二維碼掃碼導入、邊檢輔助子系統、自貿片區貨物進口區申報、轉關貨物申報、外匯收支名錄、野生動植物進出口證書申領、有毒化學品進出口環境管理放行通知單申領、加工貿易海關特殊監管區域、加工貿易保稅物流管理、加工貿易委托授權、保稅物流管理、委托授權、個人物品申報、個人物品退運、小微企業投保、風險咨詢、資信評估、信保通、國別風險預警、國際貿易要聞、信用證單筆查詢、信用證批量查詢、簽約、郵件申報、貿促會出認證、數據整合系統、數據清洗系統、數據比對系統、數據審核系統、數據附碼系統、數據脫敏系統、數據問題管理系統、數據發布系統、數據集成系統、數據安全傳輸系統、編目管理系統、目錄管理系統、目錄服務系統、目錄更新維護系統。